Главный Национальный комитет алтайских туземных народностей был создан на национальном съезде представителей алтайских народностей в количестве 71 депутата от волостных и сельских обществ. Данный съезд открылся 11 сентября 1918 года в селе Улала (ныне - город Горно-Алтайск). Инициаторы национального самоопределения на Алтае преследовали такие цели, как создание структуры управления на местах, регионе, обозначения предметов их ведения и полномочий. Главенствующую роль в управлении всеми сферами жизни должны были осуществлять следующие органы: Алтайский комитет, Алтайский инородческий комитет, волостные инородческие комитеты. Алтайский комитет должен был заботиться об интересах инородческого населения, проводить работу в духовной и материальной сферах, осуществлять контроль в области образования, которое должно было проводиться на своем национальном языке. В ведении этого органа продолжали оставаться вопросы, связанные с национальным судопроизводством, пользованием землей для русских и алтайцев. Алтайский инородческий комитет ведал делами инородцев в целом в порядке надзора. В то время как уездный инородческий комитет работал с волостями и селами, и обществами.
Главный Национальный комитет алтайских туземных народностей успешно решал культурно-просветительские задачи. Алтайские националисты приняли активное участие в Гражданской войне на стороне колчаковцев, сформировав «Алтайский туземный дивизион». В этой связи особенностью Гражданской войны в Горном Алтае стал ее межэтнический характер, что подтверждается массовостью участия русских крестьян в партизанском движении против Колчака и массовым участием алтайцев в борьбе с партизанами.
Решением съезда 7-9февраля 1919 г. представителей туземного населения Алтая единогласно было принято решение о выпуске заемных писем на сумму до 200 000 рублей для распространения среди местного населения.
Подавление деятельности алтайских националистов произошло с окончанием основных боевых действий Гражданской войны в Горном Алтае в начале 1920 г.