С 1388 по 1400 годы на монгольском престоле сменилось пять ханов, все они умерли насильственной смертью. Власть великого монгольского хана стала номинальной, делами государства вершили феодалы. Потомки Хубилая неоднократно теряли власть, которая оказывалась в руках потомков Ариг-буки и Угэдэя. Китайские императоры Чжу Юаньчжан и Юнлэ вели успешные войны против монголов, причём на территории собственно Монголии. С конца XIV века резко усилились западные монголы — ойраты.
Процесс феодализации начался у ойратов позже, чем у других монгольских племён, но шёл быстро. Ойратские правители (тайши), избавившись от зависимости от монгольского хана, сами перешли к активным действиям. Тогон-тайши одержал в 1434 году крупную победу над восточными монголами и даже пытался провозгласить себя великим монгольским ханом. Его сын Эсэн-тайши стал фактическим правителем всей Монголии. В 1449 году Эсэн разгромил полумиллионную китайскую армию и взял в плен императора. Восточномонгольские феодалы во главе с Дайсун-ханом сделали попытку избавиться от ойратского владычества. Однако в 1452 году Эсэн одержал решительную победу над восточными монголами, а в 1454 году провозгласил себя великим монгольским ханом. Это было вопиющим нарушением монгольских законов, ибо Эсэн не был потомком Чингис-хана. В 1455 году Эсэн пал жертвой междоусобиц.
Приблизительно в 1479 году великим монгольским ханом был провозглашён семилетний Бату-Мункэ, являвшийся потомком Чингис-хана. Он стал называться «Даян-хан», то есть «великий юаньский хан».
В 1488 году Даян-хан направил китайскому двору письмо, в котором просил согласия принять от него дань. Такое согласие было им получено («данью» Китай называл фактическую межгосударственную торговлю). Однако уже в 1495 году монголы начали военные действия против Китая, и в 1500 году Даян-хан перенёс свою ставку в завоёванный Ордос. В 1504 году Даян-хан вновь обратился к китайскому двору с просьбой принять от него дань. Несмотря на согласие китайского двора, в том же году монголы совершили опустошительное нападение на Датун и другие пограничные области Китая. Мирная торговля с Китаем полностью прекратилась на 70 лет. Даян-хан с 1514 по 1526 год совершал ежегодные нападения на северные области Китая, неоднократно доходя до окрестностей Пекина.
Объединённая Монголия просуществовала недолго. Вскоре после смерти Даян-хана в 1543 году разгорелся первый междоусобный конфликт. В XVI веке Монголия вновь распалась на ряд княжеств: она была разделена между сыновьями Даян-хана. С этого времени среди восточных монголов начинают различать северных (халхасы) и южных (тумэты, ордосцы, чахары). Несколько позже, на западе Халха-Монголии родственником Даян-хана, Шолой-Убаши-хунтайджи (1567—1630) было образовано государство Алтын-ханов, ставшее оплотом борьбы восточных монголов с ойратами.
Значительное место среди князей Южной Монголии занимал Туметский Алтан-хан (1543—1582), который в 1554 году основал город Гуйхуачэн (современный Хух-Хото). После смерти Даян-хана он занял лидирующие позиции среди восточных монголов. В 1552 году Алтан-хан предпринял поход против ойратов, которые стали угрожать позициям восточных монголов в Ордосе и Кукуноре. Ойраты потерпели от него поражение. Разобщённостью ойратов и их ослаблением в результате похода Алтан-хана воспользовались восточномонгольские князья, организовавшие против ойратов серию военных походов. В результате основная часть ойратов была вытеснена в район монгольского Алтая и полностью отрезана от рынков Китая.
В начале XVII века Монголия представляла собой ряд независимых владений, располагавшихся по три стороны от пустыни Гоби. Номинальным титулом всемонгольского хана и его печатью обладал глава Чахарского ханства Лигдан-хан (правил в 1604—1634 годах), так как он считался старшим среди потомков Чингис-хана.
Создатель маньчжурского государства Нурхаци и его сын Абахай понимали, что задача завоевания огромного Китая неосуществима без покорения Южной Монголии. В 1620-х годах Нурхаци удалось подчинить себе большинство княжеств Южной Монголии.
В борьбе с маньчжурами империя Мин сделала основную ставку на Лигдан-хана, но ему не удалось заручиться поддержкой северных монголов, а большинство князей Южной Монголии выступили на стороне маньчжур. Потерпев в 1634 году поражение от Абахая, Лигдан-хан с остатками войск отошёл в Кукунор, где вскоре умер, а его сын капитулировал перед маньчжурами. В 1636 году по повелению Абахая собрался съезд правителей 16 южномонгольских княжеств, на котором Абахая провозгласили всемонгольским ханом. В том же году Абахай дал своему государству новое название — Цин.
Изменение внешнеполитической ситуации в регионе способствовало консолидации ойратских племён, что привело к образованию сильного централизованного государства — Джунгарского занства; время его образования относят к 1635 году, когда глава племени чорос Батур-хунтайджи объединил ойратские племена.
Халха-Монголия стала ареной борьбы между Джунгарским ханством и империей Цин. Цинам удалось склонить некоторых правителей Халхи к принятию подданства маньчжурского императора. Такое положение дел беспокоило джунгарского хана Галдана, который вмешался в усобицы в Халха-Монголии. Это привело в 1690 году к ойратско-цинской войне. В 1697 году Галдан потерпел полное поражение и покончил жизнь самоубийством; Халха-Монголия была включена в состав империи Цин. В 1715 году ойраты попытались вернуть Халху. Империя Цин в это время находилась в сложном положении, и попыталась заключить военный союз против Джунгарского ханства с волжскими калмыками и Россией. В 1739 году обе стороны, изнурённые длительными войнами, заключили мирный договор, по которому ханству была возвращена значительная часть ранее утраченных территорий.
После смерти Галдан-Цэрэна в Джунгарском ханстве вспыхнула ожесточённая борьба за власть. Империя Цин, воспользовавшись благоприятным для себя моментом раскола вражеского государства, ввела туда огромные войска, которые к 1758 году уничтожили не только само государство, но и практически всё его население.
В составе Цинской империи территория Монголии представляло собой отдельное имперское наместничество, поделённое на четыре ханства (аймака) и пограничный Кобдоский округ, расположенный на крайнем западе по сосоедству с Синьцзяном. Аймаки распадались на хошуны — традиционные для Монголии феодальные уделы, имевшие относительно чёткие границы.
Все мужчины-миряне в возрасте от 18 до 60 лет считались солдатами-ополченцами (цириками), и по первому требованию маньчжурских властей каждая административная единица должна была выставлять и содержать, из расчёта один воин от десяти семей, вооружённых всадников в полной экипировке. Основными функциями монгольского ополчения были несение караульной службы на границах с Россией и участие в операциях маньчжурской армии в Китае, часто в качестве полицейской силы. Отвлечение на военную службу значительной части производительного населения в условиях его малочисленности тяжёлым бременем ложилось на экономику страны.
В 1644 году на базе Монгольского управления (Мэнгу ямэнь) была создана Палата по делам зависимых территорий (Лифаньюань), более известная как Палата внешних сношений. Она была следующим после императора звеном управления Монголией. В Палате могли служить только маньчжуры и монголы; китайцы туда не допускались.
В подчинении Палате находились императорские наместники — помощник цзяньцзюня (генерал-губернатор), который командовал всеми монгольскими войсками, имевший резиденцию в городе-крепости Улясутае и ведавший делами (с 1786 года) двух западных аймаков — Дзасактуханского и Сайнноёнханского, а также два его помощника (амбани), которые управляли двумя восточными аймаками — Тушетуханским и Цэцэнханским, с резиденцией в Урге (с 1761 года). Там был расположен монастырь Их-хурэ — резиденция первосвященника Монголии богдо-гэгэна. Урга постепенно превращалась в фактическую столицу. Хэбэй-амбани (с 1762 года) управляли пограничным округом из города Кобдо. Маньчжуры принесли с собой в Монголию детальную релгаментацию вcей общественной жизни и осуществляли жёсткий контроль за её соблюдением, что вошло в противоречие с кочевым укладом степной вольницы.
К середине XIX века в Монголии при прямой поддержке маньчжурских властей открыто действовали отделения нескольких десятков китайских торговых и ростовщических фирм, главным образом пекинских и шаньсийских. Русская торговля ограничивалась проведением раз в три года ярмарки в Кяхте и деятельностью русских купцов вдоль тракта Кяхта-Урга-Калган (с уплатой крупных пошлин).
В 1911 Монголия обрела собственное национальное правление. Во главе провозглашённого 1 декабря 1911 года монгольского государства находился Богдо-хан (Богдо-гэгэн VIII). По Кяхтинскому договору (1915) Монголия была признана автономией в составе Китая. В июле 1919 автономия была ликвидирована китайскими войсками, а в 1921 столицу Монголии Ургу захватили белые войска барона У. фон Штернберга. Летом 1921 советско-монгольские войска изгнали белогвардейцев и китайцев. В Урге было создано Народное правительство, власть Богдо-гэгэна была ограничена.
Вплоть до окончания Второй мировой войны единственным государством, признавшим независимость Монголии, был СССР. После признания независимости со стороны Китая Монголию признали другие государства. Китай несколько раз ставил вопрос о «возвращении» Внешней Монголии, но получал категорический отказ со стороны СССР Последней страной, признавшей независимость Монголии, стала Китайская Республика (самопровозглашённое государство на острове Тайвань) в связи с потерей националистической партией Гоминьдан в 2002 году большинства в парламенте.
В 1924 году, после смерти религиозного лидера и короля Богдо-хана, Монгольская Народная Республика была объявлена при поддержке со стороны Советского Союза.
В 1928 году, к власти пришел Хорлогийн Чойбалсан. Он ввел коллективизацию крупного рогатого скота, уничтожение буддистских монастырей и врагов народа Монголии в результате убийства монахов и других людей. В Монголии, в 1920 приблизительно одна треть мужского населения были монахами. К началу 20 века около 750 монастырей функционируют в Монголии. Так же, в результате Сталинских репрессий в Монголии (начавшихся в 1937 году), пострадавших и погибших более 30000 человек. Японский империализм стал еще более тревожным событием, особенно после вторжения в соседнюю Маньчжурию в 1931 году. В Советско-японской войне в 1939 году совместными действиями советских и монгольских войск на Халхин-Голе была отражена агрессия Японии на территории республики. Монголия, как союзник СССР, оказала посильную экономическую помощь СССР в годы Великой Отечественной войны, также принимала участие в разгроме японской Квантунской армии в 1945 г.
В августе 1945 года монгольские войска также участвовали в советско-маньчжурской стратегической наступательной операции во Внутренней Монголии. Советская угроза захвата части Внутренней Монголии заставили пойти Китай на условие, о референдуме по признанию независимости Монгольской Народной Республики. Референдум состоялся 20 октября 1945 года, и (в соответствии с официальными цифрами) 100% избирателей проголосовали за независимость. После создания КНР, обе страны подтвердили их взаимного признания 6 октября 1949 года.
26 января 1952 года к власти пришел Юмжагийн Цэдэнбал(бывший соратник Чойбалсана). В 1956 и снова в 1962 году МНРП осудила культ личности Чойбалсана, в стране произошла относительно нерепрессивная коллективизация, сопровождавшаяся внедрением в народные массы бесплатных медицины и образования и определённых социальных гарантий. Монголия была включена в возглавляемую СССР организацию Совета Экономической Взаимопомощи. На территории Монголии были размещены войска Забайкальского военного округа(55000 чел.) СССР, Монголия встала на сторону СССР в период обострения советско-китайских отношений. Монголия стала получателем массированной экономической помощи со стороны СССР и ряда стран СЭВ.
Хотя Цеденбал посещал Москву в августе 1984 года, его тяжелая болезнь заставило парламент объявить о его выходе на пенсию и поставить к власти Жамбын Батмунха.
С 1990 года, в связи с распадом социалистического лагеря и распадом СССР, в стране произошли демократические и экономические реформы: приватизировано коллективное сельское хозяйство, промышленность, торговля и обслуживание, возникли несколько оппозиционных партий реально конкурирующих с МНРП.
11 января 2006 в Монголии разразился внутриполитический кризис, начавшийся с раскола кабинета министров — Народно-революционная партия (НРП, бывшая коммунистическая партия) заявила о своём выходе из коалиционного правительства.
12 января в Улан-Баторе произошли массовые беспорядки. Около полутора тысяч сторонников премьер-министра Цахиагийна Элбэгдоржа, представляющего Демократическую партию (ДП), собрались на центральной площади Улан-Батора на акцию протеста против решения НРП.
Вечером 13 января парламент Монголии проголосовал за отставку коалиционного правительства.
В результате выборов 29 июня 2008 практически полный контроль получила Монгольская Народно-Революционная Партия (46 депутатских мест из 76), она сформировала коалиционное правительство. Число портфелей распределено: 60 % МНРП, и 40 %ДП
1 июля 2008 г. избиратели Демократической партии и других оппозиционных партий организовали демонстрацию протеста против, по их мнению, фальсификации результатов прошедших выборов, позднее вылившуюся в беспорядки, многочисленные поджоги и грабежи в центре Улан-Батора, при подавлении которых властями погибли 5 человек, большое число участников беспорядков были ранены, сотни людей были арестованы.
18 июня 2009 года вступил в должность президента лидер оппозиции Цахиагийн Элбэгдорж, он стал 4-м президентом Монголии.
Флаг и герб
