Если пофантазировать, то в защиту 3-й версии (а я бы тогда добавил подпункт: «пробные знаки») можно найти аргументированные доводы. 
  И объясняется это следующим:
  Гербовые марки образца 1905-1917гг, как и контрольные марки образца 1900г, которые применялись на читинских дензнаках,  изготавливались  в Экспедиции заготовления государственных бумаг  (ЭЗГБ) в Петрограде. Отсюда они развозились по регионам, где делались достаточно большие их запасы  (не на один год использования) и это одна из причин,  почему их впоследствии  стали  использовать для изготовления дензнаков (и не только в Забайкалье), т.к. в этом случае избегали больших затрат на изготовление дензнаков. 
Наиболее выпускаемыми, как правило, были мелкие номиналы дензнаков, для большего количества в обороте разменных купюр. Соответственно для их изготовления требовалось больше, в нашем случае, количество гербовых марок мелкого номинала. 
Гербовые марки  Российской империи известны пяти выпусков, но 2-рублевые начали выпускать
с пятого выпуска 1905г. Гербовая марка в пятом выпуске 1905г. номиналом в  2 руб. - встречается  по каким-то причинам достаточно редко.  Из этого следует, что тираж их был не большим. 
  Был еще выпуск Временного правительства в 1917г., в котором наиболее часто встречаемыми  являются  1- и 2-рублёвые марки, но их во внимание, я думаю,  брать не следует, т.к. вряд ли они успели, по известным причинам,  попасть в Сибирь (да и кроме того вспомогательный выпуск Временного правительства - беззубцовый). 
/ мои познания в области филателии мизерные и более точную информацию надо уточнять у специалистов/.
 В связи с тем, что запас гербовых марок достоинством в 2рубля был не большим, то естественно раньше других иссяк. В поисках выхода из этого положения, наверно кто-то предложил использовать марки двух номиналов,  дающих в сумме – 2рубля ( контрольные марки такого достоинства не выпускали). Но видимо эта инициатива не была поддержана и эти пробные экземпляры (заготовки) так и остались невыпущенные. Либо возможно, как вариант, что эти заготовки были сделаны накануне отмены изготовления  этих знаков. Тогда этим можно объяснить и существование других номиналов без печати (так называемые бланки). 
Кстати на многих знаках видно, что для их изготовления (в связи с малым запасом) использовали и марки,  бывшие уже в употреблении /есть марки  приклеенные на бланк с видимыми повреждениями, с печатью, поставленной при первом, прямом использовании – скан прилагаю/.
/Интересно, что на знаках с контрольной маркой и мелкого и крупного достоинства печать не ставилась  на марку (я лично не встречал). А  знаках с гербовой маркой печать ставилась на марке. Есть правда и такие знаки с гербовой маркой, на которых,  как и на знаках с контрольной маркой, печать стоит  в области  текста: «Имеет хождение…».  Из этого можно тоже предположить, что бланки могли быть и с печатью, но без марок, марки уже клеились потом в зависимости от потребности  в номиналах дензнаков/.
 Лично мне  больше нравится первый вариант (пробный). Судя по расценке в каталоге Кардакова – они самые редкие в серии, соответственно встречаются редко.
   Но все это всего лишь мои логические размышления.